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Rintarô Okabe est un scientifique un peu paranoïaque, toujours accompagné de Mayuri et Itaru, qui l'aident dans ses expériences farfelues pour son laboratoire. Alors qu'il participait à un séminaire sur le voyage dans le temps, Rintarô rencontre Kurisu, qui tente de le persuader qu'il lui a parlé quinze minutes avant, mais Rintarô n'en a aucun souvenir et ne se rappelle pas avoir vu la jeune fille. Peu de temps après, il retrouve le corps sans vie de Kurisu. Tentant alors de prévenir Itaru par texto, il est plongé dans une ville fantôme.